โรงเรียนบำรุงศาสน์เป็นโรงเรียนเก่าแก่ที่ได้ก่อตั้งมาเป็นเวลานาน เป็น

โรงเรียนที่ให้การศึกษาด้านศาสนาอิสลามแก่มุสลิมมาช้านานทั้งคนที่อยู่ในท้องถิ่นและต่างจังหวัด และในปี พ.ศ.2504 ก็ได้จดทะเบียนเป็น "ปอเนาะบ้านคลองลึก" โดยมีมาตั้งแต่ประมาณปี พ.ศ.2485  ในลักษณะของ "ปอเนาะ" ชื่อว่า "ปอเนาะคลองลึก" ตั้งอยู่ เลขที่ 5 หมู่ 3 ตำบลพะวง  อำเภอเมืองสงขลา  จังหวัดสงขลา โดยมีนายหะยีเดช  เร๊ะดมหลี  เป็นโต๊ะครูคนแรก 

      ในปี พ.ศ. 2512 ได้ดำเนินการจดทะเบียนเป็นโรงเรียน ประเภทสอน

ศาสนาอิสลามมาตรา15 (2) และสายสามัญ ชื่อว่า "โรงเรียนบำรุงศาสน์" เปิดสอนระดับการศึกษาชั้นปีที่ 1 ถึงปีที่ 4 เรื่อยมา ต่อมาในปี  พ.ศ.2513  โต๊ะครู หะยีเดช  ได้ถึงแก่กรรมลง นายอนันต์ กาหลง  โต๊ะครูคนปัจจุบันได้รับหน้าที่ดำเนินกิจการของโรงเรียนต่อมา แต่ในปี พ.ศ.2518  ก็มีเหตุจำเป็นอันเนื่องมาจากปัญหาทางเศรษฐกิจทำให้ต้องหยุดกิจการงานโรงเรียนไว้ชั่วคราวแต่ยังคงการสอนคุรุสัมพันธ์ในวันอาทิตย์เอาไว้ 
  ในปี พ.ศ. 2542 นายอนันต์ กาหลง จึงทำการฟื้นฟูโรงเรียนบำรุงศาสน์ขึ้นอีกครั้งหนึ่ง แต่เปลี่ยนแปลงการใช้หลักสูตรใหม่ โดยใช้หลักสูตรอิสลามศึกษาระดับตอนต้น (อิบติดาอิยะฮฺ) ควบคู่กับหลักสูตร มัธยมศึกษาตอนต้น พ.ศ.2521 (ปรับปรุง พ.ศ.2533) แทน เพื่อให้นักเรียนได้เรียนทั้งวิชาศาสนาและวิชาสามัญตั้งแต่ปีการศึกษา 2543
  ปี  พ.ศ.2546  ได้รับอนุญาตให้เปลี่ยนแปลงสภาพโรงเรียนจากโรงเรียนประเภทมาตรา 15(2) เป็นประเภทมาตรา 15(1)  พร้อมกับขออนุญาตเปิดชั้นเรียนระดับมัธยมศึกษาตอนปลายเป็นปีการศึกษาแรก และในปี  พ.ศ.  2550  ได้โอนกิจการโรงเรียนให้อยู่ภายใต้การดำเนินการของมูลนิธิโรงเรียนบำรุงศาสน์